Τα νησιά που απαρτίζουν το σύμπλεγμα των Σεϋχελλών ανακάλυψαν πρώτοι  Αυστραλονήσιοι ταξιδευτές ή Άραβες έμποροι, οι οποίοι ωστόσο λόγω των δύσκολων συνθηκών δεν τα κατοίκησαν. Η πρώτη αναφορά στις Σεϋχέλλες γίνεται μόλις το 1502. Τη χρονιά εκείνη ο διάσημος Πορτογάλος εξερευνητής Ναύαρχος Βάσκο ντα Γκάμα ανακάλυψε τα νησιά σε ένα από τα ταξίδια του στις Ινδίες (περνώντας από τα Αμιράντες) και οι Σεϋχέλλες χαρτογραφήθηκαν για πρώτη φορά. Ο ντα Γκάμα τους έδωσε το όνομα του ιδίου (Νησιά του Ναυάρχου).
Τον 17ο αιώνα Ευρωπαίοι θαλασσοπόροι βρέθηκαν εκεί λόγω των τυφώνων του Ινδικού Ωκεανού. Εκείνοι τα χρησιμοποίησαν αρχικά ως ορμητήριο πειρατών, σταθμούς εμπορίου μπαχαρικών και σκλάβων από την Αφρική. Αλλά σύντομα ανακάλυψαν τον άφατο πλούτο των ηφαιστειακών εδαφών τους. Παρά τις συνεχείς εκρήξεις της λάβας καλλιέργησαν τις ζούγκλες τους. Και σε αυτά τα νησιά σήμερα βλέπουμε απέραντες φυτείες από τα πιο πολύτιμα μπαχαρικά και λουλούδια του κόσμου.
Στη βικτοριανή εποχή ένα από αυτά, το Πραλέν, θεωρήθηκε ότι είναι ο βιβλικός κήπος της Εδέμ. Τότε κάποιοι πίστεψαν ότι ο καρπός του Καλού και του Κακού δεν ήταν το μήλο που πρόσφερε η Εύα στον Αδάμ αλλά το αλλόκοτο Κοκό ντε Μερ… Το 1719 ο Ντάνιελ Νταφόε, τοποθέτησε τον παγκοσμίως διάσημο ήρωά του, τον Ροβινσώνα Κρούσο, σε ένα νησί του Ειρηνικού. Όμως αυτό το απάτητο νησί σήμερα βρίσκεται στον Ινδικό Ωκεανό και συγκεκριμένα στο άγνωστο Λα Ντιγκ των Σεϋχελλών.
Οι Σεϋχέλλες ανακηρύχτηκαν αυτόνομα νησιά μόλις το 1967 και έκτοτε αποτελούν ανεξάρτητο κράτος.