Μετά την εισβολή της Γερμανίας στην Πολωνία την 1 Σεπτέμβρη του 1939, η Βαρσοβία επλήγη βαριά. Στις 23 Νοεμβρίου 1939, οι γερμανικές πολιτικές αρχές κατοχής υποχρέωσαν τους Εβραίους της πόλης να φορούν λευκά περιβραχιόνια με το μπλε αστέρι του Δαβίδ για να ξεχωρίζουν. Οι Γερμανοί έκλεισαν τα εβραϊκά σχολεία, κατάσχεσαν εβραϊκές περιουσίες και χρησιμοποίησαν τους Εβραίους άνδρες για καταναγκαστικά έργα, ενώ χιλιάδες εκτοπίστηκαν σε στρατόπεδα συγκέντρωσης.
Στις 17 Ιανουαρίου 1945, η πόλη, απελευθερωμένη από τους Ρώσους, ήταν πλέον μια ερημωμένη πόλη. Μόλις 174.000 άτομα είχαν απομείνει ζωντανά. Από τους επιζήσαντες περίπου 11.500 ήταν Εβραίοι.
Παρόλα αυτά και σε πείσμα των καιρών, η Βαρσοβία κατοικήθηκε από την αρχή κατορθώνοντας σήμερα να θεωρείται μία από τις ωραιότερες πόλεις της Ευρώπης, που συνδυάζει το χτες με το σήμερα, την παράδοση με το σύγχρονο.